帝国的治国理念，成了社会精神支柱。封建王朝想要维护天下一统，维护统治，就必须跟读书人合作，必须表现出对孔圣人的尊重，必须善待孔子后裔，这是一套完整的内在逻辑。
李存明暗想：“社会经济决定上层建筑，如今大明朝尚未步入资本主义社会，资本主义处于萌芽状态，思想启蒙还没有开启和完成，还得利用儒家思想笼络人心。”
“关键问题并非杀不杀孔胤植，而是在于要不要继续独尊儒术。闫尔梅、夏完淳等人的担忧，最深层次的原因就在这里。”
“我穿越到大明朝快有四年了，一直忙着强兵强国，大明朝的军事实力有了极大的提升，经济水平也有了长足的发展，但还远远不够。尤其是在彻底驱除鞑虏之前，不宜在思想层面造成太大的混乱。”
“而我在短短几年间能够取得这么大的成就，其实还应该感谢儒家思想，正因为大明朝的人们奉行君臣父子这一套伦理纲常，才能让我这个皇帝能够聚拢人心，能够得到绝大多数人的认可和拥护。”
“等收复河山，国内太平了，经济也恢复到万历年间的水平，再来发展教育，进行思想启蒙，这才是最为稳妥的方案。嗯，小不忍则乱大谋，帝王要杀人，应该讲究策略和技巧！”