城略地容易，难的是进行有效治理。朕收复了宝岛，固然值得高兴庆贺，但咱们任重道远，接下来该想一想如何治理了。郑将军，你有何想法？”李存明道。
郑成功沉思半晌，道：“首先是建立行政机构，废除荷兰侵略者的一切统治体制和机构，同时建立孔庙、学校，消除荷兰人在岛上的影响；其次，严以治军，下令不许骚扰土著部落，不许侵占土著的耕地。在高山族等土著部落居住区设乡塾，送子女入学者可减免赋税和徭役；最后，便是开发宝岛，鼓励移民，鼓励开荒。”
李存明大为赞赏道：“郑将军果然熟知宝岛情况，你所提出的建议高屋建瓴，朕全部采纳了！”
郑成功心头一热，暗想人们都说崇祯是千古圣君，果不其然！
“叮，获得郑成功正面情绪值5000”
李存明按照郑成功的建议，下旨在宝岛设一府二县，归福建省管辖。
府为宝岛府，县为天兴县、万年县。天兴县管北路，万年县管南路。又设立了一个安抚司，专门负责安抚土著部落，处理土著部落事务。
李存明看向瞿式耜道：“瞿式耜，朕想让你担任宝岛府知府，替朕坐镇宝岛，你意下如何？”
“臣定当尽忠职