祭海大典完毕之后，郑森的船队随即从澎湖列岛出发，迅速驶向鹿耳门海港。
考虑到军中缺粮，且澎湖列岛不容有失，郑森并未带上四叔郑鸿逵的船队。饶是如此，出征的船只仍旧多达四百余艘，船员三万多人。
船队浩浩荡荡行驶在海面上，战舰延绵数里，海光朣朦，船桨翻飞，桅杆林立。
自从郑和下西洋以来，东海之上再也没有出现过如此庞大威武的船队。郑森站立在甲板上，心潮澎湃，他想起了陆游的一句诗，“三万里河东入海，五千仞岳上摩天”。
大丈夫顶天立地，该当如此！
眺望浩渺无涯的海面一阵，郑森回到了作为指挥室的船舱里，召集将领们道：“根据何通事带来的情报，我军要收复东番岛，必须占据台江海湾。而大员港和鹿耳门港是进入台江的两条主要航道，大员港航道被热兰遮城的火炮控制。”
“为了避开敌人的强大炮火，我决定从鹿耳门港进军，可此处水浅且水下暗礁密布，航道曲折狭窄，大船只有在涨潮时才能通过。所以接近鹿耳门港后，不要急于前进，必须等到潮起之时方可行动。”
鹿耳门港后来被泥沙淤积成陆地了，只留下一条小溪叫鹿耳门溪，此地的凶险