早在宁陵的时候，李存明就理清楚了治国思路，一是钱，二是兵，三是权。
通过开荒种地、加征商税、推广土豆玉米的种植，钱粮问题有所缓解；再通过招募新兵，荡平江北时收编俘虏，也有了二十万精兵。
如今打压东林党，平息党争，架空内阁，便是解决权力问题。
建立起相当于军机处的通政司体制后，李存明再接再厉，宣布成立四大院。
四大院分别是医学院、科学院、军事院和监察院，前三个机构在徐州时已经初具雏形，分别由傅山、汤若望、毕氏叔侄负责，到了南京后开府建衙便能立即运转。
而监察院，则是李存明与闫尔梅深思熟虑后决定创建的机构。监察院最大的职责，便是监察官员，权限很大，相当于反贪部门和纪检部门的综合体。
至于锦衣卫，主要职责变更为刺探敌国情报、抓捕钦犯、护卫皇上；东厂主要负责刺探国内消息，重点关注首都极其周边地区；西厂则重在负责商务事宜，也包括开矿、经营皇庄或是国营工厂。
这些机构统称为“一卫二厂四大院”，统统隶属于皇帝本人，主要负责人也都是皇帝的亲信大臣，且都互相独立，尤其是一卫二厂和监察院之间，还能互相