彻底摊薄了黄得功的兵力。
在这种情况下唐军却能发挥兵力优势，从各个城门一起发动进攻，让黄得功根本照应不过来。很快仪凤门就被攻破了，这是在长江舰队的掩护下，渡江而来的海军陆战队一个营造成的战果。面对只有七百多人的一个营，明军三千人却根本守不住，因为他们难以抵挡长江上密集的舰炮覆盖。仅仅半个时辰的攻击，三千明军死伤五百多人，剩下的全都失去了作战勇气逃散了。
仪凤门突破之后，钟阜门和金川门很快也被攻克了，那里的守军腹背受敌根本就挡不住唐军的进攻。入城的唐军很快由北向南扫荡，一举攻入了城北的大营仓库。这里放置着明军最多的守城物资和粮食，此地一失黄得功更加被动了。
黄得功也没有想到，城墙高厚防守严密的南京城会如此快就被攻破，他还来不及转运物资仓库就被占领了，紧接着他自己的指挥部北兵马司衙门也被占据，他本人只好退往皇宫。
临战时指挥部的迁移，尤其在这个通讯很困难的年代，对守军简直是致命性的。因为联络不到黄得功，各地守城部队还以为他跑了，加上唐军的压力太大，士兵们纷纷撤退或者投降。等到黄得功重新建立指挥部，各城门都已经失守了，近万守军已经投降。