那些专家想要一拥而上，却被周洪仁挡住了：“这些古籍已经存放了几百年，稍不注意就会损毁，我们必须小心谨慎才行。我建议先在洞外建立帐篷和清理室，由专业人员一点点的清理。凡是清理完毕的古籍，立刻用油布打包放入木箱封存，等返回研究所再查看，这样才能更好的让古籍保存下来。”
这些学历史的专家都有很强的文物保护意识，对于这些古籍他们自然倍加珍惜，所以大家都同意了周洪仁的说法，全部工作由这些专家进行。周洪仁作为副队长，又是专业人士，自然负责对藏经洞的清理工作，他给所有人都分配了工作，有的负责洞内初步清理，除了检查损毁情况，还要绘图记录古籍的摆放位置并编号。
经过初步清理的书籍用木板车运到洞口搭起的几个帐篷里，由这里的专家进行仔细清理，用干净的棉布垫起来，分门别类的放入油布包，再装入木箱打包。这个时代对于文物还没有多少热情，也不值多少钱，这些书籍最大的价值来自于考古，所以也不用担心有人眼红而私藏。
这里的古籍非常多，一天时间也仅仅清理了三千多册而已，但是仅仅这三千册图书，已经震惊了所有专家。这些书籍有汉文、藏文、梵文、龟兹文、粟特文、突厥文、回鹘文、康