府告急，马士英也不敢怠慢，他只能将军队抽调回来赶往应天府增援，至于物资只能放弃了。
如今朝廷真正管辖的只有两府之地，本来财政就不富裕，这次拼凑出来的物资还是因为眼见八贤王治下的繁华，想要以小博大才勉强凑出来的。如果这些物资全部损失，能让朝廷达到了伤筋动骨的地步。今后一年内，就算唐军敞开大门任由他们进攻，朝廷也无力派兵前往了。
如此重要的物资，因为马士英抽身回援而只有五千兵马防守，唐军以两个团的兵力将丹阳团团围困，然后以三艘铁甲舰封锁了丹阳附近的运河，以重炮攻击城内。丹阳军队勉强守了两天，最后只能举手投降，将大批物资尽皆交给了唐军。
唐军很快攻克周围府县，将本就不大的镇江府彻底吞并了，随后大军兵围句容，进入了应天府的境内。
全线告急的文书如雪片般飞来，让南京六部毫无应对之法，马士英率军本想尽快赶回应天府据城而守，结果刚刚抵达溧水就被唐军的舰队挡住了。因为是内河作战，长江舰队从沿海的缉私舰队那里抽调了大量小型船只，包括苍山船和剑船等一大批小型军舰都随队而来，此时用在吃水不深的胭脂河与秦淮河上恰到好处。
唐军在河面上布置了