朝廷水师也不算弱，在经过一番搜罗之后，山东、江苏和广东水师的大部分都汇聚到了应天府，成了朝廷水师的基础，这些船只虽然大小各异，品类异常繁杂，但好歹也有近百艘。
正是因为数量够多，朝廷对水战有着极大的信心，所以他们一次性全部投入到了对唐军长江舰队的攻击中。就在刘闯率领五艘铁甲舰前往武汉之后，朝廷与唐军的水战开始了。
尽管自身只有十五艘，但全身覆盖铁甲的舰队却毫不畏惧的主动迎战。朝廷的水师战船因为结构不算结实，所以大多只在船首安置一门红衣大炮或者佛朗机炮，威力也在千斤和三千斤之间。
这些已经落后的火炮，注定会被时代所淘汰，当他们的炮弹落在铁甲舰上的时候，直接就会被铁甲弹开，根本无法造成更大的伤害，而唐军铁甲舰的炮火，却几乎是一炮就能摧毁对方。
这样的战斗是一边倒的，尤其是奉化江号、大塘河号和飞云江号都有水下撞角，他们仗着皮糙肉厚不怕火炮的特点，直接冲入对方的舰队中，依靠强大的蒸汽机动力，撞得朝廷战船纷纷破碎，极大的搅乱了朝廷水师的队形。
战斗仅仅经历了三个小时，朝廷水师就全军覆没了，三千多水师官兵，除了六百多战死