以前朱聿键希望用民族主义思想武装他们的头脑，让这些官员能够自觉的自我约束，但是现在看来情况不容乐观，因此他决定建立监察司专门对官员的不法行为进行监控。
为了防止政务院各部门与监察司有什么勾结，这个监察司与公安司和情报司一样，专门对朱聿键本人负责，同时让与政府官员没有多少瓜葛的总参谋部副总参谋长孙传庭担任司长。
为了加强军队的掌控，将其彻底与地方政府实力脱离，避免互相勾结的情况出现，朱聿键还决定建立负责武器装备定型和采购配发的总装备司，以及负责负责军粮、军服、被褥等其他物品供应，以及各种物资战时运输和日常储备的总后勤司。
曾经因为孔有德之乱而投奔唐军，又在美洲作战中屡立战功的老将张焘担任了总装备司的司长，在对沙俄的大规模作战中，出色完成了后勤补给任务，支持大军打赢了最终决战的北方总督陈子龙，卸任之后成了总后勤司的司长。
这两个司并不属于政务院，而是隶属于总参谋部编制，算是军方的部门。除此之外各部队进行调防，许多临时部队重新更改番号，并固定了防区。
为了将军政脱离，朱聿键发布了军区的新编制，任命军区司令统管辖区军