人，这样的损失就算是德川家光也要伤筋动骨。更何况战后的德川家光，连自己的地盘都丢给了唐军，其军事能力更是降低到了极点。
幕府的权威大大下降，这就让有野心的藩主们，都开始蠢蠢欲动，希望能够打败德川幕府，自己成为幕府将军一般的人物。商人们贩卖的火绳枪和少量老式火炮，成了点燃火药桶的引线，很快本州岛就陆续有超过十个藩主宣布独立，并开始攻击附近依然忠于德川氏的藩主，整个本州岛陷入了混乱之中。
比起本州岛来，四国岛上四个藩主都没有选择反叛，因为他们根本没有时间进行选择。就在天草四郎发动起义的同一时间，唐军的海军陆战队突然在土佐登陆，一举消灭了土佐藩的驻军，土佐藩藩主山内忠义被杀，整个土佐藩的地盘都遭到了唐军的占领。
唐军再次发动进攻，让日本各藩始料未及，但是这次战斗仅限于四国岛，却没有让本州岛上正发力壮大的藩主们有多少危机感。至于四国岛上的另外三个藩主，他们就算警惕也没有用，在唐军强大的军力面前，他们所能想到的办法全都不会有效果的。
唐军一路势如破竹，陆军和海军相互配合，很快将这个面积不大的小岛完全占据了。伊予、讃岐和阿波三藩相继被唐军占领