岛建立有基地，用于在杭州湾进行走私和劫掠活动。
作为倭寇的总首领，汪直在日本和大明浙江海域混得风生水起，后来打算接受诏安与明廷谈判，却被时任浙江巡按使王本固陷害所杀，结果造成倭寇失控，才酿成倭寇之乱。在那段时间里，舟山群岛成了倭寇聚集的据点，专门作为袭扰大明的前进基地使用，闹得浙江沿海风声鹤唳。
后来戚继光率领戚家军，竟然奇迹般的以陆击海平定了倭乱，让那些倭国人再次销声匿迹，但舟山群岛却始终没有再驻军，致使如今那里已经发展出多达七十股海盗。
这些海盗名目繁多，旗帜也各有各的特点，但实力多半较弱，大多数都只有一条二桅甚至一桅的小船，拉上数十个人就是一伙海盗了。但其中有一股最大的海盗却是不然，这是海盗拥有二桅和三桅大船四艘，海盗人数多达两千人，其首领叫做陈阿牛，是个精通水战的人物。
说起陈阿牛来还是名门之后，其爷爷名叫陈大成乃是浙江义乌倍磊人。时任浙江参将的戚继光到义乌募兵，陈大成就率领诸多子侄加入了进去。万历四十年四月，倭寇进犯台州花街、白水洋等处。戚继光调遣陈大成督领王如龙、陈子銮等冲锋陷阵，俘斩倭寇140余人，救回被虏男女二三千