后，行到清水洋，福建水师突然遭遇台风，风云翻滚，恶浪滔天。任凭施琅航海经验丰富，依此时的战船水平，根本无法抵御那样的狂风巨浪。
施琅一捶桅杆，只好下令返航，令旗挥动福建水师第一次伐郑之行就这样无疾而终。
回到福州之后，朝中的侯玄演和兵部尚书姜建勋商议一番，一致认为是否绕过澎湖直取东番岛才是好主意。
命令传到福州，施琅奋笔疾书，写下洋洋洒洒万字奏章。陈述东番本岛地域狭窄，缺乏战略纵深，澎湖是其外围防御的唯一屏障。澎湖一旦攻陷，东番岛不攻自破。
侯玄演深夜召集几个曾在福建为官的大员，一番讨论之后，大家各执一词。
最终侯玄演拍板决定，将在外君命有所不受，施琅竟然执意先取澎湖，自己就不微操了。二战时苏德战场的例子告诉侯玄演，哪边的最高统帅插足战争的指挥，自己这一方势必要蒙受巨大的损失。后来的蒋中正，又一次证明了这一点。
侯玄演对海战一无所知，他唯一一次在登莱出海，还有些晕海。那是对无尽的蓝色最深的恐惧，因为任凭你权势滔天，在海上的天威面前，也将无能为力，化身为最渺小的存在。
得到了侯玄演放权的施琅