妥的东林党余孽，曾是万历年间东林干将杨涟的亲密战友。
陈督师是万历四十四年进士，初任洛阳知县。天启初年升任礼科给事中。杨涟弹劾魏忠贤时，奇瑜也曾上书猛烈抨击忠贤，后来不知怎的这个东林余孽，由户科左给事中出任陕西副使，又升为右参政。这也是大明官场的常态，党争之外，还有复杂的，盘根错节的师生关系，同乡关系，杀是杀不尽的。
这个东林余孽崇祯元年升为按察使，不久先后担任陕西左、右布政使。三年，升为右佥都御史，接替张福臻巡抚延绥。当时大盗神 一魁、不沾泥等已被诛除，可是他们的余党还很多，当地年景不好，饥荒严重，很多百姓跟随了贼兵。
崇贞三年，陈奇瑜上书极力诉说了鄜州、延安到镇城千里之间饥荒、盗贼的严重情况，崇贞帝下诏免除了延安、庆阳地区的田租。奇瑜于是派遣副将卢文善讨伐、斩杀了截山虎，柳盗跖、金翅鹏等人。
奇瑜于是上书说：“流贼作乱，根源在于年成不佳，饥荒逼人，形成于首恶的煽动、诱惑，以至于两府三路都成了强盗窝。现在我们没有损失一个士兵，也没有拉断一根弓弦，捉斩了一百七十多个贼头及其党羽一千多人。头目除掉，余党自然就会散去。过去那些斩木揭竿