管元帅府，初步实现了马城构想中的军政分离，自然台湾军政不可能完全分离，两府之外还有一个庞大的台湾开发银行，也有极其的权柄。
马城元帅府下设一个都镇抚司，一个军屯司，一个参谋司，一个军纪司，统领行省内各营兵马，此外还有一个通政司，各司设置了主官一员，副官两员，各司主官都是四品，副官都是五品。
战云密布，葡萄牙人穿来的消息说，荷兰人在本土，印度集结了舰队，总计十五艘四桅风帆战舰，大小武装商船百余艘，杀气腾腾的冲向马六甲。爪哇方面，荷兰人集结了一万两千兵力，走马来亚夹击马六甲城，荷兰人的实力让马城头大如斗，这应该是荷兰人在亚洲的全部力量了。
陆战，马城自然不俱葡萄牙人。
海战，马城却担着十二万个心，台湾水师有主力舰十八条，葡萄牙人有六条，武装商船的数量却大大的不如。
参谋司，此时陷入争论，产生了极大的分歧。
一些参谋主张水师避而不战，以岸防重炮封锁马六甲海峡，集中兵力围歼马来亚方向的葡萄牙陆军。另一派主张全民动员，在福建，台湾，广东沿海招募义兵，用人海战术淹没葡萄牙舰队，两派意见相持不下。
参谋