两个系统：排岸司负责运河工程管理及漕粮验收、入仓，纲运司负责随船押运。
运河所经的曹郓济泗等州和广济军均设排岸机构，共有15名指挥和7500名兵士，汴京则有排岸分司四处。
汴京四排岸司：东司在广济坊，掌汴河东运，江淮等路纲船输纳及粮运至京师，分定诸仓交卸，领广济装卸，役卒五指挥，以备卸纲牵驾，以京朝官二人充任。西司在顺城坊，领汴河上漕，以京朝官一人负责装卸；南司在建宁丰台，领惠民河、蔡河，京朝官一人充任，广济两指挥一千人为额；北司在崇宁坊，建隆三年置，领广济河，以京朝官一人充任。
从管理上看，纲运司服从排运司的调度，验收、卸粮、入仓等重要环节均由排岸司主持，业务上两司之间有比较严格的交接制度。
漕运从设置到先帝朝时，在轨道未贯通整个国朝全境之前，漕运担负着整个汴梁百万之众的口粮保证。
这样不可替代的作用，加上漕运一体多年经营，沿途地方州府势力介入配合等等，导致漕运衙门忘乎所以了。
朝廷不管派遣怎样的朝官统领，都难以改变漕运内部铁板一块的蚕食朝廷利益的弊端。漕运，已经成了国朝最大难题。
自官