但不知是不是命运的公平还是命运的玩笑，这样强大的存在也依旧有着天敌——在源活起来的瞬间，网络中的一种病毒也进化出了意识，这种病毒还心心念念想要吞噬掉源来壮大自己。
于是，源和病毒之间的战争开始了，两者实力相当势均力敌，几次三番下来谁都没死谁都没讨到好处，最终落得个两败俱伤的结局。这时，不论是源还是病毒都元气大伤，两者又对彼此虎视眈眈不敢放松警惕。
长久僵持之下，见继续下去对自己毫无益处后，源先一步将自己投入了各个由数据组合而成的世界吸收力量‘养伤’，准备养好伤后来日再战。
而病毒，则选择用一部分力量催生出一个听命于他的系统，派系统去寻找‘代表人’为他去收集力量以供他壮大自己。病毒自己则忙着去盯梢，想方设法的破坏掉源的养伤计划。这也是为何一周目时源的□□总会早逝的原因，毕竟那个时候源没有记忆，自然斗不过本体追踪的病毒了。
很不幸，空青就这样被病毒派遣的系统强行选中了。而不幸中的大幸，空青他从本质上来讲其实和系统是同类，所以他才能打败掉系统重获自由——只有数据，才能吞噬数据。
也算是因祸得福，本来除了本体是一块石