2003年，日本新宿的上空出现了一个巨大的时空裂口，龙与巨人空降于此，此景震惊了日本政府，一番激战后，巨人泯灭在龙的利爪之下，而龙，则被人类的几发导弹打死。
但巨人身上所携带的一种名为魔素的物质挥发在空气中，魔素犹如病毒迅速传染给人类，被感染的人类会白盐化，变成凶暴的怪物。
人类为了阻止这场灭顶之灾研究出了“灵魂化”这样一种技术，即为抽取灵魂，提取这个灵魂的数据，然后根据数据制造一个复制体。
复制体没有意识，只被灌输有两个意识，一是消灭狂暴化的人类，二是继续提取灵魂然后制造复制体。
这些灵魂被冷冻保存，直到有一天瘟疫消失，灵魂再解冻然后回到自己的那具复制体里。
但是天不遂人愿，700年后一次惨痛的变故酿成了无法阻止的悲剧……
直到4196年，人类灭绝了。
但这期间人类创造了人造人，而人类灭绝几千年之后，这个星球上存留下两种智慧生命体，人造人和机械生命体。
《尼尔·机械纪元》讲述的，就是发生在这两种生命体之间的故事。
……
“喂？没事吧？”