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原本崇祯皇帝以为，缺饷多少就发多少下去，很容易的事情。可没想到，最终还是户部尚书毕自严和兵部尚书申用懋为此打了御前官司，才让他意识中，这里面的事情很复杂。
事情一开始的时候，是兵部尚书申用懋上本弹劾户部尚书毕自严克扣军饷，不按册补发欠饷。崇祯皇帝当时一听，勃然大怒，这样的事情还了得，立刻传旨户部尚书觐见。
毕自严其实早就有思想准备了，一见崇祯皇帝，立刻反过来弹劾兵部尚书道：“陛下，兵部所存军黄册乃是天启年间核实而已，如今战乱频繁，军卒多有死伤。如若还按军黄册补发军饷，臣弹劾兵部尚书意图吃空饷！”
“陛下，臣亦弹劾户部尚书克扣军饷！”申用懋也跟着奏道，针锋相对，丝毫不让。
崇祯皇帝听到这里，便知道自己想简单了。他也不马上就下定论，只是皱着眉头想了会后，才对申用懋道：“申卿，毕卿听起来言之有理。当然，朕亦不信申卿会吃空饷，这其中缘故，可否解释一二”
吃空饷的事情，其实是肯定有的。崇祯皇帝也知道这点，不过他还真不信，兵部尚书敢明着来吃空饷，那胆子就太大了。
申用懋听了，感激地一躬身，