鼠疫进入了高谭港之后，没有受到应有的重视，随着大量外来人员，尤其是海员和后勤兵的流动，瘟疫开始快速传播。好在如今因为风暴洋上的中华帝国潜艇太多，海运已经不太兴盛，而随着芝加哥工业区的失去和中华帝国大军的步步紧逼，让波士顿帝国生产出来的物资已经越来越多的用于保护本土。就连那些一直在风暴洋上空奔忙的飞艇也基本断绝了来往，这才让鼠疫没有传播到西大陆去。
疫情开始越来越严重，就连波士顿城内，每天都有数十人死亡，此时华盛顿三世和鲍尔丞相终于发现了不对，他们很快在全国发出命令，要求各地开始进行病患隔离，严防死守不放过一个疑似病例，以防止瘟疫的继续扩大，同时全国都展开了灭鼠运动，希望能从源头上切断瘟疫的传播。
在鼠疫的快速传播下，波士顿国内开始渐渐乱了起来，不少人开始绝望的四处躲藏，但到处都有鼠疫的爆发，他们有能逃到哪里去。现在他们只能绝望的四处乱跑，或是逃入深山，或是进入荒漠，直到哪一天他们也全身黑紫的倒在地上。
波士顿国内逐渐开始混乱，就连五大连湖地区的驻军也受到了影响，不少地方的驻军人心浮动，战斗力大大下降，甚至还出现了逃兵的现象，只是有潘兴元