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为了仪式感和纪念第一部与黑衣组织有关的剧场版加凑字数，以下：
我是高中生侦探工藤新一，当我跟青梅竹马的同学毛利兰一起到游乐园游玩时，却目击了黑暗组织的交易现场。当时我只顾着偷看交易，却忽略了从背后而来的另一个同伙。我被那个人强灌了毒药，等我醒来时……
我的身体已经缩小了！要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份。当小兰问及我的名字时，情急之下，我化名为江户川柯南。为了搜集那些家伙的情报，于是便住进了父亲以侦探为业的小兰家中。
那个至今还是一片谜团的黑衣组织，琴酒，伏特加，贝尔摩德，基安蒂，科恩，还要雪莉，她原名宫野志保，是黑衣组织的成员，她的原名叫宫野志保，年幼时失去的父母曾是黑暗组织的专属科学家，所以她以Sherry这个代号为那伙人效力，让我缩小的药ATPX-4869就是由她开发的。
但是，由于唯一的姐姐宫野明美被组织杀害，她便开始反抗组织。本想结束性命吞下那种药的时候，身体却也变小了。就这样，她更名为灰原哀，一边逃避着组织的跟踪，一边和我一样读