整个世界，在欧提努斯来到学园都市后，悄然的产生了某种变化。
首先，在不为人知的地方，井上英华带着欧提努斯去见了学园都市实际上的掌控者，亚雷斯塔。
几人达成某种协议，并秘密定下了某个计划。
上条当麻的大脑也在这期间恢复了正常状态。
井上英华将食蜂操祈的事情讲给他听，经过一番争执，以及平静之后的商议，上条当麻答应井上英华，会好好照顾，并且守护食蜂操祈，不让她再受到任何伤害。
再然后，便发生了一系列的大事。
欧提努斯按照井上英华给他看的小说中的做法，继续制造主神之枪，然后在原作的那个时间，于东京湾自己的秘密基地，船之牧场内，如出一辙的对上条当麻进行了如同原作一般的摧残。
最终，理解了欧提努斯的上条当麻在欧提努斯选择回到上条当麻所在的世界后，决定守护被施加了魔法妖精化的欧提努斯。
这个时候。
在隐世之中逍遥的魔神们发现了上条当麻的变化。
魔神的力量强大到能够随意扭曲世界的程度，而在扭曲过后，魔神们却无法保证能够绝对的将世界还原成原本的模样。