经点算，李部现有官兵4652人，家口4782人，马350匹，象3只，铳1200余杆，虎蹲炮、大杆子铳各百杆，随行官员126人。另有少量被称为俍兵的土司兵，人数大概在八百人左右。
因李部官兵长年在边外得不到粮食补充，所以大多营养不良，并且缺少武器，短期之内难以迅速恢复往昔战斗力，投入对清战事。故邵九公和李定国商量之后，将李部官兵分批迁往昆明安置，休整半年并补充之后，再行调用。
镇江已将对李定国部的整编计划快马送至，按这份计划，李定国和白文选所部将连同云南吴军被整编成三个镇，一个甲级镇，一个乙级镇、一个丙级镇，归属第三战区统一指挥。
整编后剩下的老弱病残一律就地裁撤，给予遣散费，安置在云南各地，由各地官府重新上册，发予田地，组织互助开垦，使他们能够自食其力。李部随军家口也都安置在昆明。
三镇兵分别由总兵吴三省、提督张大元、原孙可望驾前军总兵、后在柳州大战归降太平军的周国定统领。
李定国在了解了太平军甲、乙、丙三镇编制区别后，对这个整编方案没有意见，反而很是高兴。因为他的部下是被整编成甲级镇，这意味着周士相对他麾下