没有发动周党上疏支持，而是直接把事情给办了。
潘应龙听说镇江那边已经挂起了大都督府的牌子，原先齐王府和太平军军部的人员都到大都督府办公了。各地的公文现在也一律送到了镇江大都督府，大都督府那边看过之后，才会摘抄送到南都内阁。并且送来的这些公文下面，都注上了大都督府的处置意见。这把内阁首辅郭之奇气得够呛，因为这种行径和从前内阁的“票拟”权力有什么区别？是不是说从今以后，内阁可以不要了，那大都督府直接就是内阁了？要这样，内阁还要了做什么？不如罢了了事。
军队那边，周士相的动作也大，听说要新建五个军，搞什么五大都督各司一战区。种种规划，包括五大都督人选全是周士相一手操办，南都这边连问都不能问。再结合顾炎武搞出来的公揭风潮、锦衣卫到处抓捕这次风潮中出力的科道官员，潘应龙很担心，周士相是不是北虏未灭就要篡明自代。
若真那样，潘应龙能做的也只是尽力争取保住定武帝的性命。要是周士相要弑君，那潘应龙逼不得也只能再次联络忠贞营勤王了。他和洪部院谈过此事，洪部院的意思是再观望观望，若周士相真的走上孙可望的老路，他们这些忠于大明的臣子也只能和他分道扬镳了。