军团一级的编制，现在新建军一级编制，难免和军团这一级职能重合，导致指挥系统混乱。所以周士相决定将现有各军团编制一律裁撤，正式恢复大都督府这一洪武年间节制中外诸军事的机构。
当日从广州北伐时，周士相用的就是大都督的名义，只是却没有恢复大都督府，而是一直以齐王府和军部来执行大都督府的功能。现在重新恢复大都督府，将齐王府和军部的相关职司并入大都督府，也算是周士相对太平军军政体系的一次整合。
周士相本人出任大都督，下辖五军都督，即中军都督、前军都督、后军都督、左军都督、右军都督。
五位都督的人选分别是中军都督铁毅、前军都督葛义、后军都督蒋和、左军都督邵九公、右军都督赵四海。
五军都督各自负责一块区域，亦称为战区。周士相亲自划分了五大战区，以数字为序，分别是第一至第五战区。
其中第一战区为江苏、浙江、福建三省，由前军都督葛义负责，下辖五大主力之首的新一军、胡启立的新四镇、甘辉的新五镇、耿仲德的新六镇以及两个暂字头的乙级镇。
第二战区为安徽、江西二省，由后军都督蒋和负责，下辖新四军，张勇的新七镇、李本深的新八镇，淾