军参谋部下辖战斗工兵（营编制）、传令特务兵（队编制）、作战参谋室（团编制）三个机构。
除新设参谋部外，军一级增设后勤司，司之长官称辎重官，衔定从四品的指挥佥事，下辖一个负责粮草辎重的运输营。除与军部直接交接粮草军饷事谊外，辎重官还要负责和地方对接，如军营安置、地方交道等事。
除增设参谋部、后勤司、取消卫一级编制外，各军训练和号令方面仍如从前。士兵仍分锐兵（老卒善战者）、选兵（新入军者），如需补充，则由在乡保安队挑选（备兵）。战功评定和晋升方面，暂不变动。
新建的这五个军将是太平军的五大主力，战斗在最前，补充也是最优。在军部提交的方案上，周士相第一次以公文形式明确了士兵退伍安置办法。此办法规定，士兵在军中服役满三年后，若未能晋升军官，则给予退役转乡安置。
因目前太平军治下还没有大规模的工业诞生，即周士相前世所知的国营企业，故而无法提供足够的工作岗位给这些退伍士兵，因此退伍兵的安置暂时只有县乡村的保安队和乡村一级政权的管理岗位可以接收落实。
除了安置外，士兵从军中退伍后，可以一次性领取相当于白银一百五十两的粮票，并