为统帅的缘故，使之具有了后世军队的一些职能。
在忙着部署灾后重建和灾民安置时，周士相抽出空接见了从北京来的传教士南怀仁。
南怀仁从北京南下后，先是在扬州呆了半个月，然后被送到南都。在去镇江之前，南怀仁见过被定武帝接入宫中的朱慈煊。
朱慈煊出生时即受洗成为天主教徒，教名“当丁”，即“君士坦丁”。当时替朱慈煊受洗的西方教士希望借由朱慈煊的受洗与即位，使明朝能如同罗马帝国般开始转天主教为国教。这一策略很成功，因为不但朱慈煊受洗成了天主教徒，永历帝朱由榔本人也成了天主教徒。
不过可惜的是，朱由榔没能恢复明朝，反而死在了四川的丛山峻岭之中。而明朝现在的皇帝对天主教并不感兴趣，而因为朱由榔的缘故，朱慈煊已然失去了大明帝国继承者的身份。据宫中的消息说，朱慈煊很有可能会被皇帝册封为亲王，然后回到他祖父曾经就藩的衡州居住。这个消息是真是假，南怀仁暂时无从分辨。他可以肯定的是，朱慈煊不可能再成为天主教的合作者，天主教现在唯一能够合作的伙伴就是那位并不在南都的齐王，也就是鞑靼人口中的“贼秀才”。
在枯燥等待了两个多月后，南怀仁终于得到通知