嘉兴失陷消息传至杭州后，浙江巡抚佟国器便封了全城，除非持有军情公文，验明无误方可入城，否则任何人等一概不许入城。
佟国器手中原掌握两万余绿营兵，还有一支五千多人的水师，这支兵马因长年和浙江沿海的明军作战，堪称精锐。只可惜其中大半兵马却葬送在前年达素组织的攻厦一战，水师更是全军覆没，直接后果便导致郑军大举攻打南京时，浙江方面能派出的援军不过千余人。
马逢知反正归明后大举入浙，为守杭州，佟国器是拆东墙补西墙，从邻近的宁波、台州、温州、金华等地拼凑人马，勉强使杭州守军达到了六千余，不过内中真正能战的还是驻防满州八旗的七百余兵，以及闽浙总督的督抚和他佟国器的抚标，兵力不到两千。而挥师来攻的马逢知部号称十万，实有兵马两万多，一路攻城略地，士气高昂。若不是马逢知贪财大意，中了佟国器的计，只怕杭州城早已换了主人。
马逢知兵败以后，佟国器对那些随马逢知反正的绿营兵将计往不咎，大肆招揽他们，前后收拢了马部万余人。这些人一部分由游击刘承荫带领驻防嘉兴，余下一部分则在杭州城中。
杭州原是一大城，无有内外之分，顺治三年设了满城，便有内（满）外（汉