从南京败退回到金厦后，郑军的实力仍然很强大，虽然精心训练了几年的陆兵损失很大，尤其是铁甲兵基本损失怠尽，但水师却是损失不大。然而这次北伐却消耗了金厦数年积蓄，郑军有效控制的沿海岛屿根本再无法支撑这么一支庞大军队的后勤供应，故延平王尚在崇明时就开始考虑进军东番，以求为金厦军民获取一块能够稳固的根据之地。
回到厦门后，原弘光朝太常博士、永历朝太仆寺少卿沈光文自东番归来，向延平王进言：“金门寸土，不足养兵；厦门丸城，奚堪生聚？”
又有在东番热兰遮任荷兰东印度公司台湾评议会通事长十几年的汉人何斌来投，献上了一份秘密地图，标明船舰如何航行才能绕过荷兰炮台在鹿耳门登陆，另外何斌在逃离台湾之前曾经暗中派人测量了进入大员湾的鹿耳门水道。沈光文的进言和何斌的来投促使延平王下决心收复东番，他召集诸将军议，将出兵东番之事与诸将说了。
“天未厌乱，闰位犹在，使我南都之势，顿成瓦解之形。去年虽胜达虏一阵，伪朝未必遽肯悔战，则我之南北征驰，眷属未免劳顿。何廷斌所进东番一图，田园万顷，沃野千里，饷税数十万。造船制器，吾民鳞集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙不上千人