时之间，南京内城大乱，喊杀之声从城南通济门经府学、评事街、太平街至小校场，又至成贤街、北门桥、朝天宫直至清凉山、钟鼓楼。清军于内城各主要据点均遭到进攻，各大小衙门也被兵将涌入，见官、兵尽杀。
满城大清门下，对于没能一举攻入满城，周士相有些遗憾。但此事不能怪将士进展缓慢，而是满城有满兵把守，听到内城动静后第一时间便关上了满城各门，致使随后赶到的太平军望门兴叹。
因为内城还未控制，外城也有许多清军，所以周士相传令第十五镇分兵严守满城，切断满城与城外联系，不使城中一人出，也不使城外一人进，以在彻底控制南京内外城之前将满城孤立掉。只要满城里的满兵无法和城外清军会合，城外清军也无法退进满城防守，那么这座只有满州人的孤城最后必然陷落。
太平军的突然进城让城中清军十分恐惧，各门之上不时有火炮声响起，却是守城清军滥放火炮为自己壮胆。驻守聚宝门的清军甚至于还没有看到一个明军杀过来，便将城上所有火炮都打响，一刻也不停，等到真看到太平军出现在城中时，堆放在城上的几千斤火药已经消耗尽一空。
守城清军千总倒也果断，倘若太平军在外面攻城，他倒是能坚持到底，可