眼下太平军的军制有些混乱，这主要是因为大量降将和杂牌明军的加入造成，如第八镇镇将朱统是宗室出身，副将是代国公施尚义；第九镇镇将郭登第是永历朝廷册封的威远侯、副将是庆丰伯李光伯，本镇三个旅校就有两个伯爷，另一个虽然不是公侯伯爷，可也佩着永历朝廷颁给的将军印；第十镇的镇将王兴则是广宁伯挂虎贲将军印、副将是总兵李常荣，下面的旅校一个是靖氛将军邓耀，还有一个是宋国公叶标。
除了这些得授国公、侯、伯爷、挂印将军的，另外军中实授总兵、记名总兵不下五十人，可以说，在周士相没有崛起前，广东沿海明军所能控制的区域内，有个镇子在手便能得副将，有个县城在手那肯定是挂印总兵，再大些就是挂印将军，朝廷的封爵加身了。当初程邦俊上大樵山收编不过才三四十人的土匪首领胡全时，给的就是罗定州参将。公侯满地走，总兵不如狗，说的便是永历朝廷滥授名器引发的后果。
太平军自组建初起，周士相便格外重视军功和等级晋升制度，所以嫡系各镇军官采用的是卫所官制，从小旗至指挥使，士兵则以选兵、正兵、锐兵区分，类似后世上士、中士、下士，这样官阶职事一目了然，不会导致指挥系统混乱，从上至下责任明确，指挥明确。