张孝起他们当然不是聚众谋反，他们的诉求从一开始就明明白白，那就是请监国殿下将为绍武翻案的奏章留中不发，同时惩治上此奏章的“佞幸小人”。自始至终，发起的官员没有一个有过谋反念头，但欲加之罪何患无辞。周士相以谋逆罪给这次监国行宫闹事案定了性。为了让谋逆罪坐实，管刑部的丁之相等人搬出大明律法，从中择摘十八条罪名以佐领张孝起等人聚众为图谋不轨。
当日，张孝起、马安民、王万达、郭天叙、秦荣、程邦俊等136名朝官被捕，另有378名士绅及中举未进学又未归乡的士子被捕，参与闹事百姓被捕者2650人。一时间，广州府的牢房爆满，以致不得不将部分犯人关押在城外越秀大营。因军帅府严令，广州府不敢私放一人，使得府衙外犯人家眷哭嚎不已。
唐王对周士相不经自己同意就杀人、抓人、关人的举动很是愤怒，命首辅郭之奇拿他谕令命周士相放人。
周士相很是愤怒的对首辅郭之奇道：“朝中之议，有不同意见者可上疏直达监国殿下，或递表通政使司代传，是非公直总有朝廷公断，焉能不经官面程序而私下串连，煽动百姓冲击行宫，以造成声势压迫监国，压迫朝廷！倘若此举得逞，日后人人学之，但凡不合心意，便