并无法对蒙古诸部实施有效指挥。而原先漠南蒙古的统治者，察哈尔部对满州人也是抱有极大敌意的。
察哈尔部原大汗便是黄金家族的直系继承人林丹汗，可惜他于后金天聪八年死于痘症，后其妻苏泰太后、子额哲率部众归降满清，清廷将其部众编为六旗，授其为亲王统率部众。额哲因病去世后，其弟阿布奈袭为亲王。但是，与哥哥对满清的顺从不同，阿布奈却始终对先人的耻辱耿耿于怀，心中始终怀有复兴大蒙古之愿，不愿意被满州人统治，所以他接替哥哥成为察哈尔亲王后，多年不朝见北京的顺治，清廷便将其革职下狱，囚禁在盛京。
阿布奈有二子，长子布尔尼，次子罗不藏。阿布奈被囚禁在盛京后，清廷以他长子布尔尼为亲王，但是布尔尼的态度与其父相同，同样不愿臣服满清。由于父亲阿布奈被囚，布尔尼对清朝的仇恨更为加深，一直在图谋反清营救父亲，并带领族人重振大蒙古的光辉。这一点，清廷心知肚明，只是因为南方明朝残余势力未平定，所以一直无法腾出手解决布尔尼，只能依靠亲近的科尔沁等部对察哈尔等外藩蒙古采取监视牵制。
除了察哈尔等外藩蒙古，蒙古诸部实力较强的便是漠北的准葛尔、漠西的厄鲁特等部。对于亲近满州的科尔沁等部