炮与箭击死在沟中的有三分之一，激战死在战场上的也有三分之一，李定国最终只带了千余残兵退走。大将窦民望、王玺等战死。
清军方面，损失也相当惨重。吴三桂部属，自都统下，固山额真沙里布、祖泽润等18名将官及辅国公干图、扎喀纳等战死，损失直系关宁精锐三千余，汉军四千余，绿营兵近五千。满州军方面，也折损满兵千余人。清军合计伤亡万人以上，为入西南以来第一败仗。因在关键时刻告密有功，卢桂生被清朝赏给云南临元兵备道的官职。
磨盘山战败后，李定国脱出吴三桂的追击，来到腾越州，本想觐见皇帝，不想到了腾越州后，却发现城中空无一人。问了百姓方知，圣驾已往缅甸逃去！
这消息让晋王只感天旋地转，一口鲜血喷在了胸前尚染征血的甲衣上，后从马上坠下，此后便大病一场。
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永历皇帝又一次自食其言，他没有等待晋王到来，而是在晋王正在磨盘山与清军血战之时往缅甸逃跑。
如安宁逃跑一般，永历在深夜从腾越州城潜逃，一路窜到铜铁关，随行的文武官员苦不堪言，不少护驾的将士也在混乱当中若鸟兽散。二十六日白天到曩本河，距缅关十里。黔国公沐天波先