之后，周士相又成立湘西剿匪指挥衙门，以军部官赵四海为剿匪经略官，以第二镇副将、蒙古人苏日勒为副经略。剿匪衙门统一指挥六镇剿匪军，偏沅巡抚郭廓宇负责剿匪军后勤供给、土人来附安置事。
根据周士相的意见，赵四海赶到驻地设于保靖南谓州的剿匪衙门后，及时总结各部先期剿匪经验，结合大帅所拟剿匪策略，把大庸、永顺、卢溪、凤凰、辰溪等16个州县划为中心区，龙山、桑植等八县划为边缘区，先集中力量进剿中心区土匪。
剿匪衙门同时广泛组织汉土民夫青壮8万余人，为部队带路、送信、送粮，配合搜山。在军事进剿的同时，展开政治攻势，向匪兵家属解释太平军政策，动员他们劝亲人下山交出武器自首，主动报告匪情。在此过程中，个别地区出现极端事例，拿匪兵家人要挟，若不来归，则杀家人，致使数百匪兵家人无辜被杀。
政治攻势最重要的一点是对来附土兵，即新汉人的团结和重用，其中曾于明朝有功的土兵得到了太平军的重视，为其提供钱粮、衣甲兵器进剿。
上到土官土司阶层分化，下到土人奴隶的分化，制定分区责任制，在太平军的军事和政治双重打击之下，很快，中心区进剿奏效。
10月至1