嘉鱼知府告索贿，结果被清廷以“才力不及”降一级，照旧留任。其后又以微故连降五级，调外用，其湖广巡抚一职由内院学士张长庚接任。
清军入滇后，顺治诏问洪承畴何人可任云南巡抚，念旧情的洪承畴便向顺治再次推荐林天擎，顺治本不想启用林天擎，但念在洪承畴劳苦功高，大清军三路入滇又进展顺利，于是便卖了洪承畴面子，如此林天擎才得已出任云南巡抚一职。
不过虽名为云南巡抚，但林天擎现下也没什么事务要办，昆明城又被明军一把大火焚毁，使得他的巡抚衙门都没地安置。信郡王多尼那里也不待见他，老恩主洪承畴日子过得也不舒心，堂堂一个五省经略现在要么就是被信郡王叫去做些幕僚事，要么就是被派去筹措粮草，对云南军政根本插不上手。几路大军也只有吴三桂这个名义上的学生还能受他一点影响，其他几路压根不理会洪承畴这个经略，更休说对林天擎这个巡抚有什么好脸色了。
林天擎是自个请求洪承畴帮忙在信王那边说项，让他到吴三桂军中来的，他实在是不敢待在昆明了，因为广西提督线国安那里传出话来，说要给他好看。
线国安要给林天擎好看，是因为这个新上任的巡抚大人向朝廷参了他一折子，说他线国安随大