而广东境内尚有不少李成栋旧部，为免夜长梦多，耿继茂便下令将李元胤杀害，一同遇难的还有李成栋另一养子明安肃伯李建捷。
行刑之前，李元胤只提了一个要求，便是让自己穿上大明朝服，耿继茂允之。元胤穿戴完毕后便向西南方向跪拜，尔后哭叹道：“陛下负臣，臣不负陛下！”言毕，耿继茂不耐挥手，刽子手大刀落下。
李元胤死时，永历朝廷已经接近于瓦解，从上到下是一片混乱。清军占领广州和桂林，形势固然危急，但在两广地区南明还有一些军队据守着残疆剩土，总兵力也远超清军，可是永历帝朱由榔生性懦弱无能，一有风吹草动便“起驾”逃难。他从梧州窜往南宁时，根本没有作留守地方的任何部署，像普通百姓一样只知逃命要紧。“移跸”后，梧州竟然“空城三月”，次年正月孔有德遣左翼前锋马骥接管梧州，二月命总兵马蛟麟镇守该地。跟随永历帝逃难的只是内阁大学士严起恒、锦衣卫马吉翔、太监庞天寿等少数官僚。由于撤退时的漫无组织，乱兵乘机劫掠，一些有心追随朝廷的官员也裹足不前。原先聚集于两广的朝廷和地方官员大有树倒猢狲散之势。除了镇西将军朱旻如在昭平县同清军格斗而死，被革职的朝臣汪皞投水自尽以外，其他未随驾的官员有的降清，