忙着发行粮票和铸新钱谋利积蓄实力时，周士相相继委任了六官。年前未东征前，大学士郭之奇带来的圣旨除了封他为兴平伯外，就是给了任六官的权力。
六官即为吏、礼、刑、户、兵、工六官，负有察言、承宣、审理等职，以方便施政。除了给任六官的权力，圣旨上还允许周士相委任官职，武官可达二品，文官却只能达六部主事级别，而主事一般是六品官。显然，永历这道圣旨对于文官的任免还是卡得极严，从中也能反应出永历朝廷上下还是有着旧思维，即“文贵武贱”。
在此之前，只有金厦的延平郡王郑成功于永历九年（伪清顺治十二年）被特准设置六官。如此不能看出，永历允设六官的前提是该藩（员）与朝廷联络中断，或相隔遥远，为便施政，这才特旨放权。
因吴六奇突然进犯惠州，周士相不得不提前东征，以致六官一直未设。潮惠大捷后，周命徐应元为报捷使往昆明报捷，考虑徐应元并没有正式官职，便命他为工部官，按圣旨所给权力，定的是六品。回到广州后，补充六官的事情宋襄公提了多次，周士相便拟了人选任了下去。
吏官委的是从前李率泰的幕僚桂永智，礼官则是致仕在家的原崇祯朝礼部主事郭天叙，刑官则是原绍武