将郑成魁所率战船伏击大败而回。此役，明军伤亡3000余人，4条战船沉没；清军伤亡400余，12条舟船被毁。
陈奇策对三江口的进攻验证了尚可喜的担心，使得他想要夺回新回的心思更加坚定。与此同时，明军对三江口的进攻也吸引了广州清军的全部注意力，令得尚可喜、李率泰不敢分兵攻打香山太平军，为太平军在香山的立足和发展提供了时间和安全保障。
受明军夺取新会鼓舞，沿海地区明军、抗清义师活动再次活跃。永历朝廷派驻广东的大学士郭之奇因天子移跸昆明事件而秘密前往云南，两广总督连城壁对广东战局的发展变得向明军有利没能及时察觉，并未及时做出部署，致使各地明军、义师虽活动雀跃，但缺乏全盘统筹指挥，各地只能各自为战，取得战果并不大。
新会方面，因夺取三江口之战失败，云集此处的明军复又消极，若不是陈奇策坚持，镇国将军朱统等人已率部回返。
截止年关，聚集在新会的明军已达两万余人，除朱统部外，其余明军都是义师改编而来，不但缺乏必要装备，更是缺少粮草，内中派系也是十分复杂，有国公封号的都有两个，这使得陈奇策虽然竭力维持局面想要再演去年李定国大军东进势态，但精力却被明