原职衔任命他为太子太保、兵部尚书兼都察院右都御史，入内院佐理军务，授秘书院大学士，使其成为清廷首位汉人宰相。
顺治二年，清豫亲王多铎率师攻占南京，结果却因 “剃头令”激起江南明朝百姓的激烈反抗，危难之中，多尔衮忙派洪承畴取代多铎，敕赐便宜行事。 顺治四年，洪承畴因父丧，回乡守制。次年四月又奉召返京，再次入内院佐理机务。多尔衮对其慰劳备至，宠信有加，一连数日召见垂询各省应兴应革之事，所有建议，无不采纳。多尔滚死后，顺治十年，因南方明朝永历政权联合大西军余部共同抗清，清军在湖南战场接连大败，为挽救败局，顺治急命洪承畴出任五省经略，全权负责南方战事直至如今。
和洪承畴在清军入关后一直为清廷在各处效命不同的是，尚可喜只在顺治元年率所部入关归豫亲王多铎指挥南下追击李自成部，兵至湖北鄂州后又回师辽东海州。这一回辽东就是四年，直到顺治六年同样因为南方战事反复，满州八旗兵力不够调用，清廷这才不得不再次重用已归辽的汉人三顺王，改封尚可喜为平南王，命其率部直扑广东。顺治七年，尚可喜联同耿继茂一同攻占广州，随后便坐镇广州直至如今。
清廷委任洪承畴为五省经略，这五省指