战线又那么长，日本统治者担心因为各指挥官争夺战利品而失去对钱财的控制，因为日本陆军和海军一直都有顺手牵羊吞没战利品的习惯，而且中日黑社会的相互勾结使局势更加的复杂，为了控制局势，日本统治者开始了‘金百合’行动，而且有皇室成员也是天皇的弟弟秩父宫专门负责。
在南京，‘金百合’计划的第一批执行者是宪兵队，被调来的宪兵队四处搜查，扣押所有中国政府的财产，炸开银行的库房、抢劫富家及中产阶级商人和专家的收藏，黄金，宝石，珠宝，艺术品和货币，只要是值钱的，一概收走。
自古"天下财富出于东南，而金陵为其会"，南京有着6000多年文明史、近2600年建城史和近500年的建都史，是中国四大古都之一，有"六朝古都"、"十朝都会"之称，是中华文明的重要发祥地，历史上长期是中国南方的政治文化中心，有厚重的文化底蕴和丰富的历史遗存。
虽然南京不是第一次被洗劫，但是这一次却是最仔细最系统的洗劫，在这一阶段，秘密宪兵共计搜到了6000吨黄金，另外还有无数中国人喜欢的小金块、白金条，钻石，红宝石，蓝宝石，艺术品和各种