厌恶西厂胡作非为，加上内廷宦官正在逐步侵夺外朝的权利，便劝谏朱见深要圣明勤政，莫使朝纲重现正统年旧事。
朱见深倒也听劝，便将西厂裁撤了。只是他如今神志颓废，没有了过去那种励精图治的心情，却担心自己寿命不永，等不到万贞回来，于是将号称不老，人称“活神仙”的李孜省其入宫中炼丹，以求长生。
商辂目睹主君日渐消沉，心中焦急，劝谏之余，不免对万贞有怨言，请皇帝不要纵容她出宫。朱见深心中不忿，怒道：“卿言甚无道理，朕欲立后时，卿等纷纷以此是家事，当由太后做主拒绝；如今万侍南下访亲，亦是家事，与国事何干？何劳卿等多言？”
商辂被驳得目瞪口呆，皇帝的消沉，真正的根由其实是他多年勤勉，但真正所欲的东西，却受内廷外朝压制，一直没能得到，也算情志不舒。如今万贞离宫，他日常没了能够对等说话劝导，疏解心情的人，陡然失了管束，自然是原来有多压抑，现在就有多反弹。
原本皇帝对内阁诸臣都客气礼遇，言必称先生，现在却是无论身份，一律呼“卿”，君臣之间的关系不复过往亲密，摩擦却日渐加深。汪直那西厂废了不过年余，就又重新设立。
商辂谏君不力，与汪直几次交