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1361年底，邓俞攻占了抚州，接着汉军的南昌指挥官、行省丞相胡美要求议和，他的要求是：他的部队加入明军，但建制不变，他的队伍仍由他自己率领。
朱元璋同意这个条件，不过他要求胡美即刻放弃南昌，并要求胡美去明军主力部队中服役。
胡美与朱元璋达成共识，但他没能说服他的部下，胡美本人后来于大明建朝后被封爵。
1362年2月，朱元璋主力部队开进南昌，他实际上接掌了陈友谅在江西的政治地位，也顺利接过了这里的主宰大权。
朱元璋离开南京已经太久，他没有时间去整合陈友谅投降部队的军务，还有各个城市戍军之间的强制改组，这是他统一明军之后必须要做的事情。
1362年3月，朱元璋返航南京。
浙江内陆被大将胡大海牢牢掌握在手中，但一些苗族的非正规军开始不安分，这批部队在明军攻占浙江之前就在元军中服役，后头都集中守在金华和处州。
朱元璋远在长江上游，这时候苗军内部开始互通消息，准备叛乱。
1362年3月3日，守在金华的苗军开始骚动，他们杀了明军将领胡大海。四天之后，处州的苗军也开始效仿