永乐大典正本问世之后，这套书收藏在紫禁城文楼之中。后来由于文楼失火，虽然正本完好无损，但明世宗还是不放心，让人抄录了一份副本，收藏于皇史宬。
明末，永乐大典正本离奇消失，只留下后来抄录的副本。
它究竟是怎么消失的，去向为何，是不是还存在于这个世界上，一直是历史上一个难解的谜题。
然而永乐大典的副本也没有能够完整保存下来。
清乾隆时期检阅永乐大典，纪昀清查之后，发现缺少了1000余册，2422卷。
咸丰十年，也就是1860年，英法联军入侵北京，洗劫圆明园，掠走了大量宫廷珍藏的永久大典。英国人拿得最多，其中大部分被运往了英国。
四十年后，八国联军再次入侵，大肆抢劫，位于东交民巷的翰林院紧邻使馆，沦为战场，贮存永乐大典的翰林院敬一亭被枪火洗劫，内中的秘籍大部分葬身火海，剩下的少部分被士兵当作砖头或者各种器物使用。有的用作马槽，有的用于工事，有的甚至拿来铺路。
当初翰林院里的藏书排列成行，一望无尽。这些都是前人苦心经营的文字，都是手抄本，大约有数千万卷。这些典籍的价格，绝不逊于黄金。然而在