玄灵修真理法“三因”学说认为：世间万事万物，皆有自然全息因果律。根据现代“遗传学”、“微生物学”分析验证，“因果律”是一种全息性、隐态微观性，并具有全息遗传携带性的一种本源因素。本因若与内因、外因相聚合，即构成“三因”全息理论，传统上称为“全息因果律”。
“因”，不仅是生命产生的原因，当本因、内因与外因相结合，导致内因释放、显现、转换时，便产生所种下的善恶之果。这即是人生的祸福、正奇、善妖、苦乐的由来，也是人的世运盛衰的根本原因。所以佛祖曾说：“自作自受，共作共受”，“已作不失，未作不得”。人生就是因与果的相续变化，是业与果在不同时空的转换。
“因”有善因与恶因，“果”有善果与恶果。善与恶、因与果是一对阴阳，相互为根，互相转换，广泛存在于生命现象中。善因生正果、生福根，恶因生恶果、生邪妖、生祸灾。人生的出生时空，荣辱盛衰，福禄寿夭，际遇机缘，都是自性因业的必然结果，是宇宙间铁的规律，任何人也无法抗拒。祸福、善恶、正邪等对待关系，皆是阴阳组成的因果体。
因果性质的转变，全由心神两个因素决定。此即前人所讲的“命由己立”，“福由己造”，“祸随