海外邻国向他称臣进贡。高丽向元世祖称臣之后，元世祖就急于想让日本也向他称臣纳贡。因此，从至元三年到至元十年之间，元世祖连续五次派使者出使日本，劝谕日本遣使来朝，当时，统治日本的镰仓政府态度很坚决，拒绝答复。在这种情况下，元世祖就不再以遣使为主而代之以大举讨伐。元世祖一生发动了两次大规模的征伐日本的战争。第一次是在至元十一年，派大小战船九百艘，汉军、蒙古军二万五千人，东征日本。元军虽有小胜，但日本抵抗亦顽强，使元军难以深入。后元军战船遇上海风，仓促撤回，首次征日结束。日本称这次战争为“文永之役”。第二次是在至元十八年，这回元世祖派两路大军，战船四千多艘，士兵十四万大举进伐日本。由于元军统帅内部矛盾重重，意见不合，指挥不协调，日本已有抵抗元军的经验，且做好了充分准备，因此在战争上没有取得什么成果，后来遇上海浪，损失惨重，第二次征伐日本宣告失败。日本称这次战役为“弘安之役”。这两次征日，激起了中国人和高丽人的反抗，此后，元世祖至死也再未派出一船一卒。
元政府与日政府处于战争状态，但民间的往来，特别是商贸往来却一直没有中断。战争停止后，日本商船来中国的更多。庆元港（今浙江宁波）是