庆非常清楚，导致军事失利的主要原因还是在于贪污腐败。川楚军营的黑暗、腐败在嘉庆亲政时已经发展到了几乎不可收拾的地步。统兵将领无不滥支军费，有多少支多少。
和砷一倒，嘉庆就立刻传谕诸将领：“从前带兵大员，皆以和砷为可恃，迎合钻营，虚报功级，坐冒空粮，不一而足。今和砷已经拿办，伊等失其所恃，惟当以国事重，奋发有为。”
皇帝可不仅仅是吓唬人。亲政不久，皇帝就把阵前最高统帅经略大臣勒保撤职查办。
通过百官的直言进谏，皇帝对军队中长期存在的权力分散、战略失当、军纪涣散等问题等有了更深入的了解。在充分掌握情况的前提下，嘉庆帝对军队进行了重大的人事调整。首先，他把镇压白莲教的数股军队统一到一起，归为五省经略大臣指挥，节制川、陕、楚、甘、豫五省军务，从此，军事指挥大权得到统一。
通过惩办贪污和人事调整，一个更强有力的后勤保障体系初步建立起来。经过不懈努力，镇压白莲教的军事战争终于出现了重大转机。嘉庆七年（1802年）年底，额勒登保、德楞泰与四川总督、陕两总督、湖广总督等联名，用黄绫表外、里内朱红的折子，六百里加急驰奏：“大功底定，川、陕、楚著名首