崇祯十五年（1642年），黄宗羲在北京参加科举后名落孙山。
这一年冬月初十，宗羲回到浙江余姚家中。
崇祯十七年春，明亡。五月，南京弘光政权建立，阮大铖为兵部侍郎，编《蝗蝻录》（诬东林党为蝗，复社为蝻），据《留都防乱公揭》署名捕杀，黄宗羲等被捕入狱。
翌年五月，鞑虏攻下南京，弘光政权崩离，黄乘乱脱身返回余姚。
闰六月，余姚孙嘉绩、熊汝霖起兵抗清。
于是，文人黄宗羲变卖家产，召集黄竹浦600余青壮年，组织“世忠营”响应，著《监国鲁元年大统历》，鲁王宣付史臣颁之浙东。
顺治三年（1646年）二月，被鲁王任兵部职方司主事。
这一年的五月，他指挥“火攻营”渡海抵乍浦城下，因力量悬殊失利，六月兵败后，鞑虏占了绍兴，黄宗羲与王翊残部入四明山，驻杖锡寺结寨固守，后因其外出时部下扰民，寨被山民毁而潜居家中，又因鞑虏缉拿，避居化安山。
六年（1649年）他又一次朝鲁王，升左副都御史。同年冬，与阮美、冯京第出使日本乞兵，渡海至长崎岛、萨斯玛岛，未成而归。
遂返家隐居，不再任职