根据大明相关律条，朝廷在北燕设置都督府，属于正常的流程。当然，谁都知道，护国公的军队，和这个都督府基本上没有什么大关系。都督府根本无法插手护国公的部队，管不了护国公的人。管不了护国公部队的都督府，职能行使上等同于零，可以说北燕都督府在北燕基本就是个摆设，形同虚设，这是朝廷和北燕都心知肚明的事情。
要换做在朱怀圣以及朱怀圣之前的时期，即朱隶的父亲在职以及之前的时期，这个北燕都督府的长官，一直都是护国公在兼任。可见在那个时期，或许万历爷之前的皇帝都很信赖护国公，或许万历爷对朱怀圣都没有任何的疑心。可是，这一切的变化，都在朱怀圣死了以后。
朱怀圣一死，万历爷下诏，念于朱隶年纪太小，恐无法带领北燕的百姓和军队，说是体恤朱隶的缘故，把这个都督府的长官一职，从护国公府剥夺了出来，朝廷直接委派了一个长官，到了北燕都督府任职。
从此，万历爷把北燕都督府掌控在了自己的手心里。短短数年间，哪怕朱隶长大了，完全可以掌控得住自己封地的局势了，可是，万历爷更不会把到手的职权交出来，结果，都督府百分之九十的官员，从护国公委派的人，全部换成了朝廷里派来的人。