，这才导致了大明的军队战力不足，很多时候士卒不愿意为朝廷卖命，甚至于许多边军，因为长期缺饷，不少人干脆就投了流民军，甚至于投靠了建奴，跟朝廷唱起了对台戏。
所以对于这件事，崇祯是相当为难，如果他不处分于孝天吧，这些喷子们是绝不会善罢甘休的，但是要处置于孝天吧，他又投鼠忌器，还有一点就是现在熊文灿那边，正急着让于孝天赶紧领兵南下，去两广海面，清剿海寇。
要是现在处置于孝天的话，接下来恐怕会打击于孝天的积极性，所以崇祯为了这件事，颇感为难，几次问计于内阁诸臣，但是这帮人，对该如何处置于孝天此次大闹巡抚衙门之事，也都各执一词，有人要求严惩，也有人认为以大计为重，不易处罚。
最终崇祯只得采取了一个折衷的办法，下了一旨，口头上对于孝天进行了一番呵斥，令于孝天在春节期间闭门自省，但是另一方面，也让人告知邹维琏，这个时候要以大计为重，于孝天麾下兵马的军饷，福建藩库方面要给予保障，不要寒了将士的心。
过年前的时候，圣旨到了福建，于孝天装模作样的接旨谢恩，闭门谢客，以圣上有旨，要他闭门思过为由，不接待客人，在家好好的陪了陪家人。
于孝