来到了东南之后，更是面对面地与贼寇厮杀。在其戎马生涯中，深切地体会到炼成万余精锐有多难。因此，他对当初瞿式耜、钱谦益挑动左良玉擅自动兵非常不满，更是为将近万余精锐的覆灭感到痛心疾首。
因此，他对钱谦益和瞿式耜一点也不待见，只觉得东林之衰弱，这对师徒要负很大的责任。
这时，他不鸣则已，一鸣惊人，一下子将瞿式耜最为失败之事抖了出来。瞿式耜老脸挂不住，讪笑道：“左贼已灭，今日之贼，以林小三为甚！”
史可法反唇相讥道：“可法常闻，林小三即便为贼，也好过左贼为官兵。”
形势比人强，目前瞿式耜和钱谦益不过布衣，诸事还得依靠史可法这些手握实权的封疆大吏。瞿式耜不得不强忍着内心的屈辱感，继续说道：“孙子云，不战而屈人之兵，善之善者也。故上兵伐谋，其次伐交，其次伐兵，其下攻城。要对付田楚云的乱兵，并不一定伐兵，只需得到一人，足以令其自乱，甚至可能收其乱兵，为朝廷所用。”
史可法不屑地看了看瞿式耜，也不说话，心里却暗骂不止：以为读了几句兵法，就可以到处吹牛？幼稚！
瞿式耜苦着脸笑了笑，心里暗道：东林一脉凋零至斯，就连内部也